세무서장은 납세의무자가 국세․가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정해야 합니다. 이와 같이 국세에 관하여 과오납금(오납액, 초과납부액)과 환급세액으로 납세의무자에게 반환되어야 할 금액을 국세환급금이라고 합니다.

‘오납액’이라 함은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고(신고납세의 경우) 또는 부과처분(부과과세의 경우)이 부존재하거나 당연무효임에도 불구하고 납부 또는 징수된 세액을 말하고, ‘초과납부액’은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하며, ‘환급세액’은 적법하게 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 개별세법에서 환부하기로 정한 세액을 말합니다.

오납액과 초과납부액 및 환급세액은 모두 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당합니다. 그러므로 이러한 부당이득의 반환을 구하는 납세의무자의 국세환급청구권은 오납액의 경우에는 처음부터 법률상 원인이 없으므로 납부 또는 징수 시에 이미 확정되어 있고, 초과납부액의 경우에는 신고 또는 부과처분의 취소 또는 경정에 의하여 조세채무의 전부 또는 일부가 소멸한 때에 확정되며, 환급세액의 경우에는 각 개별 세법에서 규정한 환급요건에 따라 확정되는 것입니다.

국세기본법 제51조 및 제52조의 국세환급금 및 환급가산금결정에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금 및 가산금에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 위 규정에 의한 국세환급금(가산금 포함)결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로, 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없고, 민사소송으로 바로 부당이득반환청구를 하여야 한다는 것이 대법원의 확립된 판례입니다(대법원 1997. 10. 10. 선고 97다26432 판결 등).

상세설명

• 국세환급금의 충당
  

  세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 ①납세고지에 의하여 납부하는 국세, ②체납된 국세, 가산금과 체납처분비, ③세법에 의하여 자진납부하는 국세에 충당하여야 하고, 충당을 한 때에는 그 뜻을 기재한 문서로 납세자에게 통지를 하여야 합니다.
  
  위와 같이 국세환급금의 충당은 세법에 그 요건이나 절차․방법이 따로 정하여져 있고 그에 따른 효과로 납세의무가 소멸하는 것으로 규정(국세기본법 제26조 제1호)되어 있습니다. 하지만 충당이 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위 또는 소멸에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이라기보다는 국가의 환급금채무와 조세채권이 대등액에서 소멸되는 점에서 오히려 민법상의 상계와 비슷합니다. 다만, 국세환급금의 충당이 있는 경우 소멸대상인 국세의 납기가 도래한 시기에 소급하여 환급금의 반환채무가 대등액에서 소멸하는 것이 아니라, 충당행위가 있은 날부터 장래에 향하여 충당의 효력이 발생한다는 점에서 민법상의 상계와 구별됩니다(대법원 2000. 4. 25. 선고 98두12987 판결 등).
  
  소멸대상인 조세채권이 존재하지 아니하거나 당연무효 또는 취소되는 경우에는 그 충당의 효력이 없게 됩니다. 이러한 사유가 있는 경우에 납세의무자로서는 충당의 효력이 없음을 주장하여 언제든지 민사소송에 의하여 이미 결정된 국세환급금의 반환을 청구할 수 있습니다(대법원 1994. 12. 2. 선고 92누14250 판결 등).

• 부가가치세법상 환급세액
  

  부가가치세법은, 세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 원칙적으로 확정신고기한 경과 후 30일 내에 사업자에게 환급하도록 규정하고 있습니다.
  
  부가가치세는 당해 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액을 납부세액으로 하도록 규정되어 있으므로, 이렇게 계산한 납부세액이 負(-)의 숫자가 되는 경우, 즉 매입세액이 매출세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액이 환급받을 세액(환급세액)이 됩니다.
  
  이를 산식으로 표시하면 다음과 같이 됩니다(부가가치세법 제17조 제1항).
  
  납부세액 = 매출세액 - 매입세액(매출세액이 큰 경우)
  환급세액 = 매입세액 - 매출세액(매입세액이 큰 경우)
  종래 부가가치세법상 환급세액은 납세자가 부당이득의 반환을 구하는 민사소송으로 바로 그 환급을 청구할 수 있는 것이고, 과세관청이 부가가치세액의 환급을 거부하였다고 하더라도 별도로 환급거부처분에 대한 취소소송을 제기할 필요는 없다는 것이 판례의 태도였습니다(대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결 등).
  
  하지만 최근 대법원은 전원합의체 판결에서 “납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는, 정의와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이 타당하다. 그렇다면 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무에 대응하는 국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조 제2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다.”고 판시하여 부가가치세 환급청구는 민사소송이 아닌 당사자소송으로 해결해야 한다는 입장에 있습니다(대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 판결).